1858 – Formação de um movimento popular, chefiado pelo vereador José Lucas, visando o início de uma grande reforma na Igreja Matriz, então em ruínas. Foi executada por escravos que formaram uma fileira de um quilômetro, da olaria do moinho até a matriz e, de mão em mão foram jogando os tijolos e as telhas até o término da obra. E assim a igreja outrora de dois corpos, a nave principal e a capela mor, passou a ter o formato da atual. Neste mesmo ano um grupo de atibaianos, também chefiados por José Lucas, reorganizam a irmandade de Nossa Senhora do Rosário dos Pretos e começam uma reforma da Igreja. Faziam parte da comissão que reorganizou a Irmandade e a reforma: José Lucas, Salvador Ribeiro de Toledo Santos, Francisco Soares Muniz, Manoel Jacinto Peçanha, Francisco de Sales, Albino José Barbosa, Tomás Gonçalves Barbosa Cunha, Luiz Joaquim Lodovico, Furtunato Manoel Rodrigues, José Pires Cardoso, Francisco José Teixeira, Antônio Pereira de Andrade, Jacinto Manoel Leite, Benedito Rodrigues Cardoso e João Francisco de Araújo Cintra; era capelão do Rosário, o padre João Mariano do Prado. Esta comissão atuou até o ano de 1.870.
1859 – Atibaia é incorporada novamente à Comarca de Bragança, tendo obtido no ano anterior um Juiz togado e a reintegração de Nazaré e Santo Antônio da Cachoeira como parte do seu termo (comarca).
1861 – 15 de outubro – Eleição de mais um atibaiano deputado provincial, o advogado Manoel Jacinto de Araújo Ferraz, pelo Partido Liberal de Atibaia. Nascido em Atibaia em 1834, era o filho mais novo do cel. Manoel Jorge Ferraz, de quem, juntamente com seu irmão Lucas de Siqueira Franco Neto, herdou a chefia do Partido Liberal na cidade. Também foi por muitos anos vereador e Presidente da Câmara, vindo a falecer em Atibaia em 15. MAR.1901.
1862 – Toma posse como deputado provincial para o biênio 62/63, sendo reeleito em 1864/65, Manoel Jacinto de Araújo Ferraz. Seu pai, Manoel Jorge Ferraz, era irmão do primeiro deputado provincial de Atibaia. Outro atibaiano de nascimento fez parte da Assembléia Provincial em 1862/63: Dr. Evaristo de Araújo Cintra, também pelo Partido Liberal, residente em Mogi-Mirim, por onde se elegeu; era filho de Francisco Lourenço de Araújo Cintra, irmão do Cel Manoel Jorge Ferraz, portanto, a Assembleia Provincial naquele biênio teve a participação de dois atibaianos, que eram primos.
1864 – 22 de abril – Pelo decreto do Governo Provincial nº 26, é Atibaia elevada à categoria de cidade.
18 de agosto – Realizam-se na Igreja Matriz, as eleições para vereadores e juizes de Paz dentro de um clima de muita rivalidade entre os membros do Partido Conservador (oposição) e os membros do partido Liberal (quase sempre no poder).
18 de setembro – Em sessão extraordinária, a câmara municipal faz a instalação da cidade: “Está inaugurada a cidade de São João Batista de Atibaia”.
1865 – Conclusão da segunda grande reforma na igreja matriz, sob o comando do Presidente da Câmara José da Silveira Campos, o “José Lucas”, um dos filhos do último capitão-mor Lucas de Siqueira Franco. As comemorações foram intensas durante a semana santa daquele ano. Dada desta reforma a inclusão de sua torre.
24 de maio – Criação do primeiro colégio de meninas, dirigido por Madame Arpenans, onde se ministrava o ensino de português, francês, música, desenho, prendas domésticas, etc.
1866 – 03 de abril – Morre o grande líder e último capitão-mor Lucas de Siqueira Franco aos 96 anos, com cerca de 400 descendentes à época, segundo o genealogista Silva Leme. Lucas de Siqueira Franco foi batizado em Atibaia em 1773 com o mesmo nome de seu avô paterno, que fora o 1° capitão-mor de Atibaia e o mais importante patriarca do clã Siqueira Franco. Casou-se em 1794 em Atibaia com Ana Gabriela Campos e Vasconcellos, fª do mais sério adversário político de seu ilustre avô, Frutuoso Furquim de Campos, cujo nome está ligado a história de Atibaia, na segunda metade do século XVIII. Em 1821 foi solenemente empossado capitão-mor, cargo que exerceu até 1828, ano da reforma no sistema administrativo do Império, que extinguiu as funções dos capitães mores, porém conservou-lhes o título. Continuou interferindo na vida política da cidade até seu falecimento. Concorreu sempre a os cargos eletivos, sendo sempre o mais votado ou um dos mais votados. Foi o 1°presidente da câmara municipal de 1829 a 1832 e, segundo Waldomiro Franco da Silveira renunciou logo em seguida. Tomou parte da revolução Liberal de 1842 juntamente com seus filhos, genros, primos e netos; foi também líder do partido Liberal de Atibaia.
1868 – Eleitos para a assembléia provincial para o mandato de 1868 e 1869 dois atibaianos:dr. Antônio Francisco de Araújo Cintra, representando a cidade de Amparo, nascido em 1835, era filho do tenente coronel Francisco Lourenço de Araújo Cintra, este irmão de Manoel Jorge Ferraz e de Jacinto José de Ferraz de Araújo (Cintra), primeiro deputado provincial por Atibaia. Foi representante de Mogi Mirim na célebre convenção de Itú. Tornou-se também senador estadual de 1894 a 1896 e Manoel Furquim de Campos, filho de José Lucas.
1879 – 11 de setembro – Morre na cidade mineira de Baependi o presidente da câmara José da Silveira Campos “José Lucas”
1871 – 08 de novembro – No largo Alegre, hoje praça Bento Paes, o juiz municipa, Antônio Bento sofre um atentado acirrando ainda mais os aânimos políticos da cidade, decorrentes das disputas entre os Liberais, situação e os Conservadors, oposição.
1872 – É inaugurado o primeiro prédio do mercado mercado municipal pelo então juiz municipal, Dantônio Bento de Souza e Castro, ilustre abolicionista paulista. O prédio do mercado municipal já passou por várias reformas desde sua fundação.
18 de novembro – Realiza-se na Igreja Matriz a eleição municipal para vereadores e juizes de paz, havendo grande conflito entre os conservadores, que alegaram fraudes nas eleições mais uma vez ganha pelo liberais. Durante muito tempo se intensificou na cidade a separação entre os liberais e os conservadores, mesmo havendo laços familiares entre os dois grupos. Os conservadores cercaram o casarão onde se reuniam os liberais: Lucas de Siqueira Franco Neto, presidente da câmara municipal, dr. Manoel Jacinto de Araújo Feraz, 1º juiz de paz e presidente da mesa paroquial, capitão Salvador Ribeiro de Toledo Santos, 3º juiz de paz, José Alvim de Campos Bueno, Alferes João Francisco Bueno de Aguiar, Luiz Ezequiel da câmara e Vicente A de Carvalho.
1873 – Fixa residênciaem Atibaia o advogado contratado pelo Partido Liberal, Olímpio da Paixão.
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